پرچم هاي قلعه كاوه از چهار اپيزود جدا از هم تشكيل شده و تنها نقطه ارتباطي ميان آن ها قرآني خطي است كه بخش اول فيلم به شرح نگارش آن مي پردازد. در اپيزود اول كه در زمان حضور امام رضا (ع) در سرزمين مرو و در نيشابور مي گذرد، قهرمان داستان ميرقباد خوشنويس (محمد صادقي) است كه نوع ارتباط او با آدم هاي پيرامونش و نيز تلاش او براي اتمام نسخه اي خطي از قرآن كريم و رساندن آن به دست امام هشتم شيعيان تم اصلي اين اپيزود را تشكيل مي دهد.
اپيزود دوم:
اين بخش كه داستانش سيصد سال پس از قصه اپيزود اول و در سواحل بيت المقدس مي گذرد. شخصيت پتروس كه قرآن را در ميان اسباب شناور بر روي آب پيدا كرده، به دست صليبيون کشته میشود. صادق (شهاب حسيني)، جوان مسلماني كه در ازاي عبايش قرآن را از پتروس مي خرد و آن را در شب ازدواج خود به همسرش هديه مي دهد. او بلافاصله در برابر وحشي گري هاي سپاه صليبيون قرار مي گيرد و پس از مقاومتي كوتاه به قتل مي رسد.
اپيزود سوم:
يكصد و بيست سال پس از حوادث اپيزود دوم رخ میدهد، داستان مقاومت كاوه (رضا صفايي پور) و فرزندانش را در برابر حمله مغولان روايت مي كند.
اپيزود چهارم : در اپیزود چهارم قرآن دستنويس ميرقباد به مقصد واقعي اش (بارگاه ملكوتي امام هشتم شيعيان و موزه آستان قدس رضوي) میرسد..