داستان سریال مهر خاموش به روایت زندگی یک خانواده در دو دهه از زندگی شان می پردازد. دهه ی اول به ماجرای ازدواج پدر و مادر خانواده به نام مسعود با بازی علی دهکردی و پریسا با بازی آتنه فقیه نصیری اشاره می کند که هر دو دانشجوی رشته پزشکی هستند و علارغم وجود اختلاف های بسیار هم از بعد مالی و طبقه ی اقتصادی و هم از بعد فرهنگی خانواده هایشان، با یکدیگر ازدواج کرده و صاحب دو فرزند به نام های مهران و مینو می شوند. داستان ادامه دارد تا اینکه جنگ بین ایران و عراق آغاز می شود…
مسعود به عنوان یک پزشک، در خصوص اتفاقات جبهه و جنگ احساس مسئولیت می کند و تصمیم می گیرد برای درمان رزمنده ها به جبهه برود. در مقابل آقای فتاحی، پدر پریسا که شخص ثروتمندی است، تلاش می کند پریسا را از ایران خارج کند. نهایتا پریسا تحت فشار پدرش، علارغم مخالفت مسعود تصمیم می گیرد از ایران خارج شود و همین باعث می شود این دو نفر از یکدیگر طلاق بگیرند…