داستان فیلم پاپوش داستانی جنایی است که درباره قاچاق اشیا عتیقه و خروج آن از ایران توسط قاچاقچیان است . داستان درباره مردی به نام سعید سعادت است که نقش او را بهنام تشکر ایفا می کند . سعید سعادت مامور گمرک است . او مردی با مسئولیت و وظیفه شناس است . اما ناخواسته درگیر ماجرایی می شود . قاچاقچیان اشیا عتیقه تصمیم دارند که چند جنس عتیقه و گران قیمت باستانی را از کشور خارج کنند . این اشیا متعلق به میراث فرهنگی کشور است . برای این کار به سعید سعادت مامور گمرک پیشنهاد می دهند تا با مجوزی اجازه خروج این اشیا را صادر کند . اما سعید قبول نمی کند . بنابراین دست به قتل داماد او می زنند تا برای او پاپوشی درست کنند و او را مجبور به این کار کنند . همچنین قاچاقچیان دختر سعید را می دزدند تا از طریق این کار او را تحت فشار قرار دهند تا به خواسته خود برسند…