صدور مجوز تأسیس داروخانه برای افراد غیرداروساز موضوع مهم و چالش‌برانگیزی بوده که به اعتقاد برخی کارشناسان ممکن است به سلامت مردم خدشه وارد کند.
این عده معتقدند هرگونه تفکیک میان مدیریت یک مؤسسه پزشکی اعم از داروخانه و دیگر مؤسسات پزشکی با مؤسس آن اشتباه است.
بر اساس اظهارات مسئولان سازمان غذا و دارو، در آیین‌نامه قبلی، تأسیس داروخانه صرفاً توسط داروسازان مجاز بود، اما این موضوع توسط دیوان عدالت اداری ابطال شد و سازمان غذا و دارو می‌بایست مبتنی بر سازوکاری این موضوع را ابلاغ می‌کرد؛ بنابراین قرار شد افراد متقاضی تأسیس داروخانه بتوانند از این امکان برخوردار باشند.
گرچه سازمان غذا و دارو به این موضوع انتقاد‌هایی وارد می‌داند، اما مکلف به تمکین رأی دیوان عدالت اداری است.
امید سبزواری، رئیس انجمن متخصصین علوم دارویی با بیان اینکه داروخانه‌داری یک حرفه تخصصی است، گفته وقتی پا می‌کند: این پرسش برای جامعه داروسازی نیز مطرح است؛ اما به نظر می‌رسد دلیل این مشکلات دخالت ارگان‌های غیرمرتبط و افراد غیر داروساز در تصمیم‌سازی‌ها و سیاست‌گذاری‌های مرتبط با حوزه دارو است. به عنوان نمونه هیئت مقررات‌زدایی و وزارت اقتصاد در این حوزه دخالت کرده و وزارت ارتباطات آیین‌نامه فروش اینترنتی دارو را برای این حوزه تدوین می‌کند. در حالی که سال گذشته هزار نفر ساعت درزمینه عرضه اینترنتی دارو کار شد و آیین‌نامه‌ای با اجماع نظر متخصصان این حوزه تدوین و به امضای وزیر بهداشت رسید، اما دو ماه بعد، وزیر بهداشت در مجلس تحت فشار استیضاح قرار گرفت و به آیین‌نامه وزارت ارتباطات تن داد. با این حال امید می‌رود با استقرار دولت چهاردهم، تولیت جدید نظام سلامت بتواند مانع دخالت‌های بیجای افراد غیرمرتبط و غیرمتخصص در حوزه سلامت شود و تولیت سلامت به وزارت بهداشت بازگردد.