محمودزاده رئیس پژوهشگاه شاخص پژوه اصفهان در گفتگو با خبرنگار دانشگاه خبرگزاری دانشجو در مورد علت انحلال پژوهشگاه توسط وزارت علوم گفت: در نامه وزارت علوم در تاریخ ۹۵/۱۲/۸ به امضای دکتر شریعتی نیاسر با استناد به گزارش مرکز نظارت و ارزیابی وزارت علوم و گزارش سازمان بازرسی کل کشور دو مورد برای انحلال پزوهشگاه عنوان شده است: ۱. شاخص پژوه باید ساختمانهای ساخته شده در دانشگاه اصفهان را تخلیه کند و به خارج دانشگاه برود چرا که به صورت غیر قانونی و بدون قرارداد و مصوبه هیئت امنا در دانشگاه مستقر شده است. ۲. جذب دانشجویان مشترک با دانشگاه اصفهان جذب هم غیرقانونی است که منظور دانشجویانی است که شاخص پژوه از طریق کنکور سراسری و از سهمیه دانشگاه اصفهان جذب کرده است.
رئیس پژوهشگاه شاخص پژوه اصفهان در ادامه در جواب این ادعا اعلام کرد: در این رابطه باید گفت که اولا سازمان بازرسی کشور ارائه چنین گزارشی به وزارت علوم را تکذیب کرده است و چنانچه وزارت علوم گزارشی از سازمان بازرسی در این رابطه دارد، ارائه کند. در مورد مصوبه هیئت امنا برای استقرار پژوهشگاه در دانشگاه هم باید گفت مکتوب این مصوبه وجود دارد اما متاسفانه بند مربوط به قرارداد ۳۰ ساله دانشگاه اصفهان با شاخص پژوه در مورد استقرار پژوهشگاه از مصوبه حذف شده و نیست! اسناد این مصوبه هم اکنون قابل ارائه است و بنده به جهت حمایت از حقوق پژوهشگاه در مورد این مسائل حاضر به مناظره با ریاست دانشگاه اصفهان و یا هر کس دیگری هستم. جذب غیر قانونی دانشجو توسط شاخص پژوهشگاه کذب است و مدارک رسمی و قانونی جذب دانشجویان موجود و قابل ارائه است.