رنگدانه ها ترکیبات شیمیایی ای هستند که تنها طول موج های مشخصی از نور مریی را منعکس می کنند. این باعث می شود چیزها رنگارنگ ظاهر شوند. گل ها، مرجان ها و حتی پوست جانوران حاوی رنگدانه هایی است که موجب می شود آنها رنگی به نظر برسند. رنگدانه ها می توانند طول موج های خاصی را جذب کنند که این کار حتی مهم تر از بازتاب نور است .
از آنجایی که رنگدانه ها با نور فعل و انفعال انجام می دهند تا تنها طول موج های خاصی را جذب کنند، برای گیاهان و آتوتروف های دیگر مفیدند. (آتوفروف ها موجودات زنده ای هستند که غذایشان را با استفاده از فتوسنتز می سازند.) در گیاهان، جلبک ها و سیانو باکتری ها، رنگدانه ها وسیله ای هستند که انرژی نور خورشید را برای انجام فتوسنتز به دام می اندازند. با این حال، از آنجایی که هر رنگدانه با تنها یک محدوده باریک از طیف فعل و انفعال انجام می دهد، معمولاً نیاز است که چند نوع رنگدانه ساخته شود. هر یک رنگ متفاوت برای به دام انداختن مقدار بیشتری از انرژی خورشید است.
رنگدانه ها در سه دسته ی اصلی قرار دارند.
<ت. آمپول سمت راست حاوی رنگدانه مایل به قرمز فایکوریترین است.
فایکوبیلین ها نه تنها برای موجودات زنده ای مفیدند که از آنها برای غوطه ور شدن در انرژی نورانی استفاده می کنند، بلکه همچنین استفاده پژوهشی هم دارند. هم فایکوساینن phycocyaninو هم فلورسانس فایکورترنphycoerythrin در یک طول موج خاص هستند. به همین خاطر زمانی که در معرض نور قوی قرار می گیرند، انرژی نورانی را جذب می کنند و آن را با ساطع کردن نور از یک محدوده بسیار باریک از طول موج ها آزاد می کنند. نور تولید شده به وسیله این فلورسانس بسیار مشخص و قابل اطمینان است به طوری که فایکوبیلین ها ممکن است به عنوان برچسب مواد شیمیایی مورد استفاده قرار گیرند.