رهبری این قیام را میرزا یونس معروف به میرزا کوچکخان جنگلی بر عهده داشت. وی سالهای نخست عمر خود را در مدرسه حاجی حسن رشت و مدرسه جامعه آن شهر به آموختن مقدمات علوم دینی سپری کرده و در مدرسه مسجد محمودیه تهران، به تحصیل علوم طلبگی پرداخته بود.
میرزا در سال ۱۲۸۶ شمسی، در گیلان به صفوف آزادیخواهان پیوست و برای مبارزه با استبداد محمدعلی شاه روانه تهران شد. همزمان با اوجگیری نهضت مشروطه وی به عضویت کانون “مجلس اتحاد” درآمد. در سال ۱۲۹۴ شمسی، “هیأت اتحاد اسلام” از یک گروه هفده نفره در رشت تشکیل شد که میرزا کوچکخان عضو مؤثر آن بود. این هیأت هدف خود را خدمت به اسلام و ایران اعلام کرد و به زودی میرزا کوچکخان رهبری هیأت را بر عهده گرفت.
پس از اشغال نواحی شمالی ایران از سوی روسیه تزاری، هیأت اتحاد اسلام به مبارزه با ارتش تزار پرداخت و یک گروه مسلح به عنوان فدایی تشکیل داد. این هیأت، پس از چندی به کمیته اتحاد اسلام تبدیل شد و تا پایان سال ۱۲۹۶ شمسی، بخش وسیعی از گیلان و قسمتی از مازندران، طارم، آستارا، طالش، کجور و تنکابن زیر نفوذ آن درآمد.