این عمل حضرت امام (ره)، واکنش منفی بنیصدر را برانگیخت و به جای آن که در صدد اصلاح خود و پایان دادن به کارشکنیها و مخالفتهای خود باشد، به حکم امام بیاعتنایی کرد که این امر بر نمایندگان انقلابی مجلس شورای اسلامی گران آمد. از این رو در ۲۴ خرداد، درخواست طرح عدم کفایت سیاسی او را در مجلس عنوان کردند.
در این میان هر چند برخی نمایندگان هوادار بنیصدر و طرفداران او در خارج از مجلس، بر عدم طرح این مسئله در مجلس تلاش کردند، ولی در نهایت، نمایندگان پیرو امام خمینی (ره) و نظام اسلامی در مجلس شورای اسلامی در ۳۱ خرداد ۱۳۶۰ رأی به عدم کفایت سیاسی بنی صدر داده و این حکم را به حضرت امام ارسال داشتند.
فردای آن روز در اول تیرماه، حضرت امام خمینی (ره)، طی پیامی این مهره دست نشانده اجانب را از ریاست جمهوری عزل کردند. ایشان در آن پیام فرمودند: «پس از رای اکثریت قاطع نمایندگان مجلس به عدم کفایت سیاسی بنیصدر، ایشان را از ریاست جمهوری عزل نمودم.» بنیصدر که از بازداشت و محاکمه خود هراسان بود، پس از پنج هفته اختفاء، با لباس و آرایش زنانه و با هماهنگی عوامل مزدور خویش و با ربودن یک هواپیمای متعلق به جمهوری اسلامی ایران، با کوله باری از خیانت به ملت، در ۷ مرداد ۱۳۶۰ از ایران به فرانسه گریخت و در آنجا عملیات ضد نظام را با همکاری منافقین ادامه داد.