در یکی از بندهای مصوبه، مجلس تنظیم، تدوین و ابلاغ شاخصهای متضمن رعایت عدالت در پرداخت تسهیلات بین استانها را به آییننامه مصوب هیات وزیران واگذار کرده بود که شورای نگهبان این امر را مغایر اصل ۸۵ قانون اساسی یعنی مغایر اعطای صلاحیت مجلس به نهادهای دیگر دانسته بود و مقرر شد مجلس، ضوابط مربوطه را خود تعیین نماید.
در میان ابهامات شورا، با توجه به شرایط اقتصادی کشور و نحوه سرمایهگذاریها یک ابهام راجع به لزوم تسویه همه موارد خوراک تحویلی از جمله نفت خام و میعانات گازی به اشخاص حقیقی و حقوقی با سازوکار ضمانت بانکی یا اعتبار اسنادی ظرف مدت سه ماه بود که مقرر گردید برای رفع این ابهام، به ترتیبات و ضوابطی که در قانون حمایت از توسعه صنایع پایین دستی نفت خام و میعانات گازی با استفاده از سرمایهگذاری مردمی که سال گذشته یعنی سال ۱۳۹۸ به تصویب رسیده است، ارجاع گردد.
همچنین در خصوص شاخصه «معکوس درآمد سرانه» به عنوان یکی از شاخصههای محاسبه توزیع بودجه میان استانها، ابهام وجود داشت با عنایت به اختلاف نظر موجود میان نمایندگان و همچنین با اختلاف برداشتی که در مورد فرمول نهایی محاسبه بین مجلس و دولت وجود داشت، که قرار شد در این خصوص بررسی بیشتری صورت گیرد.
جالب اینکه در برخی ابهامات مطروحه نسبت به مصوبه مانند دو ابهام اخیر، برخی نمایندگان که عضو کمیسیون برنامه و بودجه نبودند، در جلسه کمیسیون حاضر شده و با اذعان به صحیح بودن نظر شورای نگهبان، خواستار اصلاح مصوبه بودند و بعضا خود نیز پیشنهاداتی ارائه میکردند.
