وی ایجاد تشکیلات سیاسی ایدئولوژیک (عقیدتی سیاسی) را یادگار امام راحل عنوان کرد و گفت: لازمه نظام اسلامی، داشتن ساختار اسلامی در تمامی ابعاد است و این موضوع در مورد نیروهای مسلح که تأمینکننده امنیت و اقتدار و شکوه یک ملت هستند از حساسیت بیشتری برخوردار است و بنا بر همین اصل، فرمانده معظم کل قوا فرمودند «من نیروی مسلح مکتبی مبتنی بر ایمان، معنویت، روحیه جهادی و انقلابی میخواهم که بتواند در برابر هر تهدیدی ایستادگی کند».
حجتالاسلام آقاجانپور با اشاره به نقش خطیر روحانیت در تعمیق آگاهی سیاسی، دینی و معرفتی ملت ایران در طول تاریخ عنوان کرد: بعد از پیروزی انقلاب شکوهمند اسلامی و حضور روحانیون در سازمانهای عقیدتی سیاسی نیروهای مسلح، این سازمان به عنوان بازوی معنوی اقتدار نیروهای مسلح در حوزه نشر و گسترش مفاهیم دینی، روشنگریهای سیاسی، نظارت بر رعایت موازین شرعی در تمامی فرایندها، قوانین و دستورالعملهای مبتنی بر اسلام نقش خود را ایفا کرده است.
رئیس سازمان عقیدتی سیاسی وزارت دفاع نقش این سازمان را در گزینش کارکنان و مدیران مکتبی و ولایی مؤثر دانست و افزود: در نیروهای مسلح بهترین افراد با باور و ایمان راسخ گزینش میشوند تا با نگاه الهی و تکیه بر ظرفیتهای معنوی و درونی بتوانند سد موانع و مشکلات را بشکنند و مسیر بازدارندگی فعال جمهوری اسلامی را با قدرت لایزال الهی و تدابیر حکیمانه فرمانده معظم کل قوا ادامه دهند.