پس از پیروزی انقلاب٬ مهمترین چرخش سیاسی سازمان
مجاهدین خلق با تحریم رفراندوم قانون اساسی آغاز شد. آنها مانند سایر
گروههای مخالفِ انقلاب به شکل برگزاری رفراندوم که از سوی امام(ره) تعیین
شده بود، اعتراض کردند و آن را تقابل با اسلام دانسته و صراحتاً محکوم
کردند.
در آن زمان٬ رابطه بنیصدر و سازمان مجاهدین خلق،
خصوصاً پس از اعلام تغییر ایدئولوژیک سازمان در سال 1354 رابطهی خوبی
نبود. بنیصدر سازمان را التقاطی میدانست و اولین کسی بود که عنوان منافق
را برای آنها به کار برد و کتابی به نام «منافقان از دیدگاه ما» نوشت.
سازمان هم بنیصدر را «آخوند بیعمامه» و «جلاد کردستان» مینامید. اما
جریانهای بعدی انقلاب کمکم مواضع سازمان و بنیصدر را نسبت به هم تغییر
داد تا جایی که با هم متحد شدند. شروع این تغییر مواضع با رد صلاحیت مسعود
رجوی از انتخابات ریاستجمهوری و برهمخوردن برنامهی سازمان برای کسب
قدرت کلید خورد.
در دی ماه 1358، رجوی برای ریاستجمهوری نامزد شد،
اما به علت آنکه سازمان و رجوی به قانون اساسی رأی نداده بودند و امام (ره)
اعلام کرد کسانی که به قانون اساسی رأی ندادهاند، نمیتوانند کاندیدا
شوند، رجوی بهناچار از کاندیداتوری کناره گرفت.