سرکه سیب به دلیل خاصیت اسیدی بالای خود، می تواند دریچه اسفنکتر پایینی مری (LES) را تحریک کند. این دریچه وظیفه دارد که از بازگشت اسید معده به مری جلوگیری کند اما مصرف سرکه سیب ممکن است باعث کاهش عملکرد آن شود و در نتیجه، علائمی مثل سوزش معده، احساس سوزش در قفسه سینه، و بازگشت اسید به دهان یا گلو را تشدید کند.
