انتخاب مصطفی آجرلو به عنوان کمدیرعامل باشگاه استقلال، سوژه های زیادی را در فوتبال ایران تولید می کند؛ چرا که آجرلو در دوران مدیریتش با یکی از چهره های مطرح فوتبال کشور دچار مشکل شد.
وقتی حسین هدایتی مالکیت استیل آذین را ب عهده گرفت، مصطفی آجرلو را بعد از چند سال فعالیت به تیم خودش آورد و یکی از جنجالی ترین اتفاقات نیز در همان دوران رقم خورد. در آن زمان علی کریمی یکی از ستارههای استیل آذین بود. از طرفی با حکم حسین هدایتی، مصطفی آجرلو به عنوان مدیرعامل باشگاه انتخاب شد. مدیریت قبل از آجرلو، رابطه بسیار خوبی با کریمی داشت. تا جایی که تیم با نظر این بازیکن بسته شده بود و حالا با آمدن آجرلو، علی کریمی رابطهاش با مدیریت را خراب شده میدید. در یکی از روزهای ماه مبارک رمضان استیل آذین با استقلال بازی داشت. در تمرین قبل از مسابقه علی کریمی به علت نوشیدن آب با صادق درودگر که آن زمان سرپرست تیم بود، درگیری لفظی پیدا کرد. با رای مصطفی آجرلو، علی کریمی به علت روزه خواری و عدم احترام به ارزشهای دینی از استیل آذین اخراج شد که این تصمیم جنجال زیادی در فوتبال ایران به پا کرد. برخی موافق با آن بودند و برخی مخالف. اما آجرلو قاطعانه از تصمیمش دفاع کرد. بخش هایی از دفاعیات آجرلو را در رابطه با آن تصمیم جنجالی در زیر می خوانید:
*طبیعتا برخود علی دایی هم با کسی که در انظار عمومی چنین رفتاری را انجام میدهد، نمیتوانست غیر از این باشد. مطمئنا کسانی که به این شکل موضعگیری داشته اند از مسئله آگاهی کامل ندارند و از فحاشی و رفتار گستاخانه یک بازیکن دفاع نمی کنند.