کمبود منابع مالی، ضعف زیرساختهای فناوری، همراهی ناکافی بیمهها و فرهنگ مراجعه مستقیم مردم به پزشکان متخصص، همچنان از مهمترین موانع اجرای سراسری برنامه پزشکی خانواده به شمار میرود.
علی جعفریان، مشاور عالی و جانشین وزیر بهداشت، با اشاره به سابقه ۱۵ تا ۲۰ ساله برنامه پزشکی خانواده در ایران گفت اجرای این طرح تاکنون به نتیجه مطلوب نرسیده است. به گفته او، تجربه استانهای فارس و مازندران نقاط ضعف و قوت این برنامه را مشخص کرده و اکنون نسخه جدید آن بهصورت مرحلهای در ۶۴ شهر دنبال میشود.
جعفریان تأکید کرد پزشکی خانواده تنها به استقرار یک پزشک و ارجاع بیماران محدود نمیشود و اجرای موفق آن به زیرساختهای فناوری اطلاعات، امکانات فیزیکی، نیروی انسانی، همکاری بیمهها و مشارکت مردم نیاز دارد. در این الگو، پزشک خانواده مسئول پایش سلامت، ارائه خدمات اولیه و ارجاع بیماران به سطوح تخصصی و بیمارستانی است.