در هندوانه های معمولی رنگدانه ای به نام “لیکوپن” وجود دارد که باعث ایجاد رنگ قرمز در آنها می شود و خاصیت آنتی اکسیدانی دارد، ولی هندوانه ی آناناسی، فاقد این رنگدانه است و به همین دلیل زرد رنگ می باشد. لیکوپن مسئول ایجاد رنگ قرمز در گوجه فرنگی و گریپ فروت نیز می باشد.
به گفته ی محققان، لیکوپن هندوانه ی زرد در اثر تغییرات ژنتیکی مختلف در طی زمان، از بین رفته است.
نکته ی قابل توجه این هندوانه غیرمعمول، رنگ زرد روشن متمایل به نور آفتاب آن می باشد. از دیگر مشخصات متمایز آن بافت نرم آن می باشد که مزهای شیرین و نیرو بخش دارد. گاهی اوقات هم دانههای سیاه در لا به لای بافت گوشتی آبدار این میوه دیده می شوند.