قرارگاه مرکزی خاتم‌الانبیا(ص) در سال ۱۳۶۲ و در آستانه عملیات خیبر شکل گرفت. پیش از آن، قرارگاه کربلا نقش مهمی در هماهنگی عملیات ارتش و سپاه داشت، اما تجربه عملیات‌های جنگ و اختلافات موجود در شیوه فرماندهی دو نیرو، نیاز به ایجاد ساختاری با جایگاه بالاتر را آشکار کرده بود.