شجاعی فوتبال را به صورت حرفهای با باشگاه صنعت نفت آبادان آغاز کرد. او پس از صنعت نفت آبادان به تیم سایپا پیوست و سه فصل خوب را در این تیم پشت سر گذاشت.
شجاعی پس از جامجهانی ۲۰۰۶ آلمان به تیم الظفره پیوست. در آن هنگام رسول خطیبی دیگر بازیکن ایرانی این تیم بود.
شجاعی دو سال پس از این که در الشارجه بازی کرد با چند پیشنهاد اروپایی از ایتالیا و بوندسلیگا مواجه شد اما در نهایت در تاریخ ۴ تیرماه ۱۳۸۷ قراردادی سه ساله با تیم اوساسونای اسپانیا بست.[در همین رابطه] پیش از شجاعی نکونام به عنوان اولین بازیکن ایرانی شاغل در لالیگا به این تیم پیوسته بود.