تعدد نهادهای تصمیمگیر و همپوشانی ماموریت نهادهای مختلف، از موانع اصلی هماهنگی و انسجام در فضای مجازی کشور، خصوصا در شرایط جنگی، است. طبق اعلام مرکز پژوهشهای مجلس، هماهنگی میان سطوح کلان و اجرایی وابسته به اراده شخصیتهایی مانند رئیس جمهور و وزیر ارتباطات و فناوری اطلاعات است. با این وجود به جای اینکه یک سازوکار نهادی پایدار و قابل اتکا ایجاد شود، این هماهنگی، تابعی از اراده سیاسی مقطعی باقی مانده است.
به گزارش پیوست، مرکز پژوهشهای مجلس در گزارشی با موضوع «تحلیل هماهنگی در حکمرانی فضای مجازی با تأکید بر شرایط بحرانی جنگ» به بررسی وضعیت حکمرانی فضای مجازی و میزان هماهنگی میان نهادهای مسئول در این حوزه پرداخت.
طبق این گزارش، تشکیل شورای عالی فضای مجازی در اسفند ۱۳۹۰، تلاشی برای کاهش پراکندگی تصمیمگیری در حوزه فضای مجازی بود. این شورا با اختیارات فراقوهای و به ریاست رئیسجمهور تشکیل شد و بر همکاری و تبعیت تمامی دستگاههای کشور از مصوبات آن تاکید میکرد. با این حال بررسی وضعیت حال حاضر نشان میدهد ساختار حکمرانی فضای مجازی همچنان با تعدد و همپوشانی نهادهای تصمیمگیر مواجه است.