حضرت آیت الله خامنهای به جایگاه تأثیرگذار مرحوم حاج سیدمصطفی خمینی در حادثه مهم دستگیری امام(ره) در سال ۴۲ اشاره کردند و افزودند: آن مرحوم در آن زمان با حضور در صحن حرم حضرت معصومه سلام الله علیها و گرد آمدن مبارزین در کنار ایشان، کار بزرگ و شجاعانهای انجام داد و توانست حرکت مردم را هدایت کند.
رهبر انقلاب اسلامی، درگذشت مرموز و بهت آور مرحوم حاج سیدمصطفی خمینی در اول آبان سال ۱۳۵۶ را نیز، زمینه ساز ایجاد موج مردمی بیان کردند و گفتند: نحوه مواجهه امام(ره) با این فقدان سنگین که آن را از الطاف خفیه الهی دانستند، بخشی از شخصیت عظیم امام بزرگوار را در تحمل این مصیبت، و صبر بر آن نشان داد.
حضرت آیت الله خامنهای با اشاره به تهذیب نفس و گرایش سلوکی مرحوم حاج سید مصطفی خمینی و ساده زیستی و زهد ایشان، خاطرنشان کردند: آن مرحوم با اینکه فرزندِ شخصیت و مرجع بزرگی همچون امام خمینی(ره) بود اما ذرهای از نشانههای آقازادگی در وی نبود.