در سال ۴۰۰ هـ ق ابوبکرشهمرد به دستور سلطان محمود غزنوی بنای بقعه بار دیگر بازسازی کرد با توجه به سنگ نوشته قبر امام رضا(ع) به نظر می رسد بنای حرم در سال ۵۱۶ هـ ق تجدید یا تعمیر شده است . بنای بقعه به سال ۵۴۸ هـ ق آسیب فراوان دید.در روزگار سلجوقیان شرف الدین ابوطاهر قمی پس از مرمت بنا گنبدی کاشی کاری شده را بر روی قبه حرم بنا کرد و مناره ای را کنار آن ساخت در دوره خوارزمشاهیان (۶۱۲ هـ ق ) روضه رضوی مورد توجه قرار گرفت که کتیبه هایی از آن زمان در حرم موجود می باشد.
