بعد از حضور ظریف در وزارت امور خارجه، پیگیری پرونده هستهای از شورای عالی امنیت ملی به وزارت امور خارجه محول شد. از همین رو ظریف در دو سال نیم ابتدایی ریاست خود بر دستگاه دیپلماسی کشور، متمرکز بر موضوع هستهای و مذاکرات منتهی به برجام بود.
شایعه کاندیداتوری ظریف در انتخابات ریاست جمهوری دوازدهم
در روزهای پایانی دولت یازدهم در اواخر سال ۹۵، بحث احتمال کاندیداتوری ظریف برای انتخابات ریاست جمهوری دوره دوازدهم در اردیبهشت ۹۶ مطرح شد که این موضوع از سوی «بهرام قاسمی» سخنگوی وزارت امور خارجه به شدت تکذیب شد. قاسمی در گفتوگویی با حبرنگار گروه سیاسی ، تصریح کرد: من شخصا از آقای ظریف بحث کاندیداتوریاش در انتخابات ریاست جمهوری دوازدهم را پرسیدم که وی به شدت تکذیب کرد».
ظریف در دولت دوزادهم و به کما رفتن برجام
اما همزمان با آغاز به کار دولت دوزادهم در مرداد ۹۶ نیز، ظریف مجدداً به عنوان وزیر امور خارجه به مجلس معرفی شد و از نمایندگان مردم رأی اعتماد گرفت.