آیت الله گلپایگانی دوران شکوفایی را در آغوش مادری نیکو سرشت و تحت تربیت پدری پارسا گذراند ، آیت الله سید حسین گلپایگانی پدر ایشان، به مقتضای زندگی در روستا با تلاش از راه کشاورزی و دامداری روزگار می گذرانید و چنین کوشش سبب شد که فرزندان را نیز به یاری خویش فرا خواند، از این رو با پا نهادن به سنین نوجوانی گوسفندان را به دشت و صحرا می برد و در واقع به شغل چوپانی مشغول بود، چنین محیط با صفایی در لطافت روح و روانش بسیار تأثیر داشت.
اطرافیان و آشنایانی که از دقت و تیزبینی برخوردار بودند وقتی ایشان را مشاهده می کردند، از حرکات و گفتارش متوجه می شدند که این نوجوان پاک سیرت دور نمآیت ای ویژه دارد و لازم است با استفاده از استعداد خارق العاده اش مسیر اجداد و خاندان طاهرینش علیهم السلام را بپیماید و به آنان اقتدا کند و برای کسب معارف و تحصیل مکارم اخلاق خود را مهیا سازد.
برخی نیز از توفیق هایی که نصیب نیاکان وی گشته بود داستانها می گفتند و بدین گونه شوق به تحصیل و روی آوردن به علم اندوزی را در اعماق روح پاک وی بارور می ساختند.
سرانجام اشتیاق وی با تشویق های والدین و مهمتر از همه عنایات خداوند متعال و توجهات خاص خاندان عصمت و طهارت علیهم السلام توأم گشت و دریچه علم و معرفت را به رویش گشود.