اما این مصوبه مورد مخالفت شورای نگهبان قرار گرفت چرا که اگر یک ماه پس از انتخابات پنجمین دوره شوراهای اسلامی شهر و روستا، شوراهای جدید شروع به کار می کرد دوره ۴ ساله شورای چهارم به طور کامل پایان نمییافت. به عبارتی اگر این مصوبه تائید می شد دوره پنجم شوراها باید از 29 خرداد 96 آغاز می شد.
پیرو مخالفت شورای نگهبان، نمایندگان مجلس شورای اسلامی در فروردین ماه سال 96جهت تأمین نظر شورای نگهبان، ماده ۳ قانون «تشکیلات، وظایف و انتخابات شوراهای اسلامی کشور و انتخاب شهرداران» را اصلاح کردند و در قانون مقرر شد «دوره فعالیت شوراهای اسلامی شهر و روستا ۴ سال باشد که از 14 مرداد ماه شروع و در 31 مرداد ماه ۴ سال بعد خاتمه یابد».
پیشتر محمد محمودیشاهنشین رئیس هیئت نظارت بر انتخابات پنجمین دوره شوراهای اسلامی شهر و روستا به میزان گفت: ظاهراً شورای نگهبان نهم مرداد ماه تغییرات در این رابطه را تأیید کرده است بنابراین طبق قانون مجلس، ۱۵ روز از زمانی که شورای نگهبان این موضوع را تأیید کرده فرصت برای اعلام رسمی و ابلاغ به دستگاههای اجرایی وجود دارد.