یک روز قبل از انفجار دفتر حزب جمهوری اسلامی به دست گروهک تروریستی منافقین در چهارراه سرچشمه تهران و شش روز بعد از شهادت دکتر مصطفی چمران به دست بعثیهای عراقی در جبهههای جنوب، ترور آیتالله سیدعلی خامنهای به دست گروهک تروریستی رهروان فرقان عملیاتی شد. بمب دستیِ جاساز شده در رادیوی ترانزیستوری روی میز منفجر شد و نماینده امام خمینی در شورای عالی دفاع غرق خون روی زمین افتاد.
هرج و مرج خیابانیِ گروهک تروریستی منافقین در روزهای ۳۰ و ۳۱ خرداد ۱۳۶۰ که در اعتراض به عزل بنیصدر از فرماندهی کل نیروهای مسلح و در اعتراض و مخالفت با رای مجلس به عدم کفایت سیاسی او انجام شد، موجب دمیدن در آتش اختلافات سیاسی و دامن زدن به ناآرامیهای ماههای ابتدای پیروزی انقلاب اسلامی، شدت گرفتن موجِ ترور مردم عامی و چهرهها و شخصیتهای تاثیرگذار انقلاب شد.
گروهک تروریستی فرقان، اولین گروهک تروریستی بود که سه ماه بعد از پیروزی انقلاب اسلامی دست به اسلحه برد و ترور نیروهای انقلاب را شروع کرد. این گروهک به سرکردگی اکبر گودرزی ترور ۱۹ نفر از مقامات نظامی، فرهنگی، مذهبی و سیاسی از جمله محمدولیالله قرنی، دکتر مرتضی مطهری، دکتر محمد مفتح و حاج مهدی عراقی و پسرش را از اردیبهشت ۱۳۵۸ شروع کرد اما محل اختفای گودرزی در ۱۸ دی لو رفت و او و همدستانش دستگیر و محاکمه شدند و در سوم خرداد ۱۳۵۹ به سزای جنایتهایشان رسیدند.
این گروهک تروریستی بعد از این شوک، نیمه خاموش شد اما از بین نرفت. چند ماه بعد روح اکبر گودرزی و یاران اعدامیش در بدن چند عضو و هوادار رده دوم و سومش حلول کرد و «رهروان فرقان» شلعهور شد و چند عملیات تروریستی جدید انجام داد.