مرحوم آیتالله سیدجعفر کریمی از نظر قوت فهم فقهی جزو نوادر زمان بود، در نجف اشرف از محضر اساتید بزرگی مانند آیتالله خویی، آیتالله شاهرودی و آیتالله حکیم بهرههای فراوان برد و بعداز شرکت در درس امام خمینی رحمهالله به حدی رسید که پاسخگویی استفتائات را با نظارت مستقیم امام انجام میداد.
مرحوم آیتالله سیدجعفر کریمی از مرداد ماه ۱۳۶۸ در شورای افتاء حضرت آیتالله خامنهای حضور داشتند و در سال ۱۳۷۴ کتاب استفتائات حضرت آیتالله خامنهای را تحت اشراف ایشان تنظیم میکند.
یکی از سنتهای رایج مراجع معظم تقلید تشکیل دو شورای فقهی بوده است، اول شورای استفتاء که افراد آشنا با مبانی و نظرات مرجع جمع میشوند و برای سؤالات جدید مقلدان، جوابی طبق نظر مرجع تنظیم میکنند. دوم شورای افتاء یا جلسات مذاکره علمی که مرجع با حضور فقیهان دیگر تشکیل میدهد و در آن پیرامون مسائل و فروعات جدید فقهی بحث میکنند، اما در نهایت در آن بحث مرجع نظریه خودش را اعمال میکند. البته برخی مراجع در قالب یک جلسه به این دو موضوع پرداختهاند.