مصوبات هیأت امنای دانشگاهها موجب تبعیض ناروا میان دانشجویان، کارکنان و اعضای هیأت علمی دانشگاه های مختلف شده است و از طرفی فرزندان برخی اساتید به استناد به مصوبات هیأت امنای دانشگاهها از دانشگاههای درجه دوم و سوم به دانشگاههای تهران که پدرشان عضو هیأت علمی در آنجا هستند انتقالی گرفتهاند که خود سبب تبعیض میان دانشجویان شده است.
سال هاست که در فضاهای دانشگاهی کشور، قوانین و دستورالعمل هایی جریان دارد که نه با عقل و منطق همخوانی دارند و نه در آنها بویی از عدالت و برابری وجود دارد؛ قوانینی که چون هیأت امنای دانشگاه ها بنابر میل و منافع جمعی خود تنظیم و تصویب می کند لازم الاجرا می شوند و حتی وزارت علوم نیز به عنوان متولی علم و دانش کشور توان مقابله با این قوانین را ندارد.
به گزارش «تابناک»، مدیریت هیأت امنایی دانشگاه های کشور و نقش قوانین این هیأت در برنامه های دانشگاهی در مجموع فرایند آشفته ای را برای نظام آموزش کشور فراهم کرده است که اینک دستاورد آن چیزی جز مجموعه ای از روندهای عجیب و غریب و ناهماهنگ نباشد؛ وضعیتی پیچیده و بعضاً نا عادلانه که از حوزه های آموزشی گرفته تا مالی و اداری وجود دارد و حالا دیوان عدالت اداری نیز در مقام مخالفت و مقابله با آن به این مسئله ورود کرده است.