جواد نکونام ۱۲ سال قبل پس از جدایی از استقلال با صراحت گفت امیر قلعهنویی دوست نداشت او در این تیم بماند.
در نیمه دی ماه ۱۳۹۲ سرانجام اتفاقی که برخی استقلالیها انتظارش را داشتند، به وقوع پیوست و جواد نکونام از استقلال جدا شد. رفتنی که اصلا دوستانه نبود.
نکونام ۱۷ دی ۱۳۹۲ پس از جداشدن از جمع آبیپوشان تصمیم گرفت تا به فوتبال کویت برود اما در جریان جلسهاش با علی فتحاللهزاده، مدیرعامل وقت باشگاه استقلال حرفهایی زد که بازتاب رسانهای زیادی پیدا کرد.