سرمربی کنونی استقلال هنگامی که کاپیتان تیم ملی بود، پیرامون حضورش در این تیم تحت عنوان بازیکن تعبیر جالبی به کار برد.
از اواخر اردیبهشت سال ۱۳۹۱ شایعاتی پیرامون استقلالی شدن جواد نکونام به گوش میرسید و این بحثها در حالی مطرح شد که پرویز مظلومی از استقلال رفت و جای خود را به امیر قلعهنویی داد. به موازات همین اتفاقات، اردوی تیم ملی برای مرحله دوم پیکارهای انتخابی جام جهانی ۲۰۱۴ نیز آغاز شد و علی فتحاللهزاده همراه با وزیر وقت ورزش و محمد رویانیان جهت ملاقات با ملیپوشان به اردوی این تیم در استانبول رفت.
فتحاللهزاده طی مصاحبهای با خبرورزشی از تلاش باشگاه استقلال برای جذب جواد نکونام سخن به میان آورد و گفت: جواد نکونام قزلآلای فصل نقل و انتقالات است و من با جذب او، این ماهی ارزشمند را شکار کردم.
