کلر به عنوان محبوترین ضدعفونی کننده استخر، جلبک ها، باکتری ها و سایر عناصر مضر موجود در آب را اکسید می کند. ضد عفونی کننده های مبتنی بر کلر به صورت پودر، گرانول، قرص یا مایع در بازار مواد شیمیایی معامله می شوند.
کلر یکی از مهم ترین مواد شیمیایی موجود برای پاکسازی استخر است اما در استفاده از آن باید بسیار با احتیاط عمل کرد. اگر مقدار کلر در آب خیلی کم باشد، آب برای شنا کردن تمیز یا ایمن نخواهد بود.