جریان تعیین تکلیف داروهای موجود در سازمان اموال تملیکی با اختلاف نظر بین این سازمان و وزارت بهداشت مواجه است؛ به طوری که سازمان تملیکی به استناد قانون تاکید بر تحویل داروهای متروکه و قاچاق به وزارت بهداشت و تعیین تکلیف از سوی این وزارتخانه دارد ولی وزارت بهداشت به استناد قانونی دیگر معتقد است باید داروهای مکشوفه و قاچاق بدون بررسی منهدم شود و آن را تحویل نمیگیرد.
بر این اساس سالانه حجم قابل توجهی از اقلام مشمول در اختیار سازمان اموال تملیکی قرار میگیرد که از جمله آن داروست، اما ظاهرا درباره تعیین تکلیف داروهای متروکه و یا قاچاق تفاهمی بین سازمان اموال تملیکی و وزارت بهداشت نیست.