اساسنامه فدراسیون فوتبال در سالهای اخیر محل مناقشه فوتبال ایران با فیفا بوده و اصلاح چند باره این اساسنامه که تا کنون مانع محرومیت و تعلیق فوتبال ایران شده هنوز به طور کامل مورد پذیرش فدراسیون جهانی قرار نگرفته و اگر در فرصت محدود باقیمانده مشکلاتی که پابرجاست برطرف نشود روزهای تلخی برای فوتبال ایران در پیش است.
در حال حاضر فدراسیون فوتبال اشکالاتی از دید فیفا دارد که مهمترین آن بحث خصوصیسازی باشگاهها و کوتاه شدن دست دولت از دخالت در فوتبال است که با وجود وعدههای چند باره هنوز اقدام عاجلی در خصوصش صورت نگرفته و کار میرود که به جاهای باریک بکشد.