سال ٧١ به مدت ۵ سال به تهران مراجعت فرمود و تحصیلات حوزوی را در آنجا پی گرفت. سال ٧۶ با بانوی شهیده زهرا حداد عادل ازدواج کرد و همان سال جهت تکمیل تحصیلات حوزوی و کسب فیوضات معنوی برای بار دوم به قم هجرت فرمود.
به گزارش آرمان ملی آنلاین ؛ آیتالله حاج سیدمجتبی خامنهای فرزند دوم رهبر و مرجع شهید آیتالله العظمی سیدعلی خامنهای، متولد سال ١٣۴٨ در مشهد است.
ایشان دروس مقدماتی حوزوی را در مدرسه مبارکه آیتالله مجتهدی تهرانی گذراند و در دوران دفاع مقدس در جمع رزمندگان اسلام در جبهههای جهاد حاضر شد. بعد از پایان جنگ تحمیلی، در سال ۶٨ برای تکمیل دروس حوزوی به قم مشرّف شد و تا اوایل سال ٧١ در قم مستقر بود.