دانشجویان پژوهشگاه شاخص پژوه اصفهان طی نامهای به نمایندگان مجلس شورای اسلامی در مورد انحلال پژوهشگاه توسط وزارت علوم مراتب اعتراض و دادخواهی خود را ابراز داشتند.
یک دانشجوی دکتری پژوهشگاه شاخص پژوه اصفهان از جناح بازی سیاسی در وزارت علوم انتقاد کرد و گفت: چرا پژوهشگاه شاخص پژوه و تمام مجوزهایش روزی توسط همین وزارت علوم معتبر اعلام می شود و زمانی نامعتبر؟
معاون پژوهشی وزیر علوم نقش سیاستگذاری، ارزیابی و پشتیبانی دانشگاهها و موسسات آموزش عالی از سوی هیاتهای امنا را مهم ارزیابی کرد و به شاخصهای توسعه در برنامه ششم اشاره کرد.
بسیج دانشجویی دانشگاه علوم پزشکی رفسنجان با صدور بیانیهای پیرامون پیشنهاد معاون رئیس جمهور در امور زنان و خانواده برای تبدیل زندگینامه مریم میرزاخانی به واحد درسی اعلام کرد: آیا شهیدان اسوه مناسبتری برای جوانان نیستند؟!
پژوهشگاه شاخص پژوه در جواب اطلاعیه مورخ ۱ مردادماه ۹۶ وزارت علوم جوابیهای صادر کرد و نوشت: وزارت علوم باید به این موضوع پی ببرد که این روش اطلاعیه دادن و جابجائی دانشجو و انحلال یک پژوهشگاه، در خصوص یک مهد کودک خصوصی هم سابقه نداشته است.
یک دانشجوی دکتری پژوهشگاه شاخصپژوه اصفهان از برخورد حذفی و غیرقانونی وزارت علوم با پژوهشگاه و بلاتکلیف رها کردن دانشجویان و کارکنان آن انتقاد کرد و گفت: وزارت علوم تنها زندگی تحصیلی ما را به بازی نگرفته بلکه زندگی شخصی ما را هم نابود میکند.
دکتر زارع، دکتری اقلیم شناسی و متخصص حوزه انرژیهای نو گروه جغرافیای پژوهشگاه شاخص پژوه اصفهان ضمن اشاره به معلق ماندن طرحهای علمی پژوهشی پژوهشگاه با اقدامات اخیر وزارت علوم گفت: هم اکنون به گفته مسئولان وزارت علوم ۵۰ هزار دکتری بیکار در کشور داریم که با حذف بخش خصوصی، فرصتهای اشتغال جوانان متخصص و تحصیل هم از بین میرود.
یک دانشجوی دکتری پژوهشگاه شاخص پژوه اصفهان ضمن تاکید بر فعالیت علمی گسترده و فشرده، هیئت علمی و دانشجویان پژوهشگاه شاخص پژوه از مشکلات ایجاد شده توسط وزارت علوم و دانشگاه اصفهان برای پژوهشگاه شکایت کرد و گفت: گویی وزارت علوم و دانشگاه اصفهان برای نابودی دانشجویان شاخص پزوه دست به دست هم داده اند.