محمدجواد ظریف در دولت یازدهم، از تاریخ ۱۹ مهر ۱۳۹۲ عراقچی را به عضویت تیم مذاکره کننده هستهای درآورد. او در کلیه مذاکرات ایران و گروه ۱+۵ حاضر بود و تا پایان مذاکرات هستهای ایران و دستیابی به برنامه جامع اقدام مشترک، به عنوان مذاکرهکننده ارشد در متن مذاکرات حضور داشت و بعد از محمدجواد ظریف، نفر دوم ایران در مذاکرات محسوب میشد. البته که عباس عراقچی در زمان مذاکرات سعید جلیلی نیز عضوی از تیم مذاکره کننده هستهای بود، مذاکره کنندهای که بر خلاف نفر ارشد تیم به زبان انگلیسی کاملا تسلط داشت، اما به دلیل شاید تمامیت خواهی سعید جلیلی تا بعد از تغییر رهبر تیم مذاکره کننده، تیم مذاکره کننده مقابل هیچ اطلاعی از تسلط او به زبان انگلیسی نداشتند.