خبرگزاری میزان-مطالعات و نظریهپردازیهای فوکویاما پیرامون مولفههای اقتدار نظام جمهوری اسلامی و فرهنگ شیعی به صورت تدریجی در حال تکمیل بود که در بحبوحه فتنه 88 که نتیجه سالها برنامهریزی همکاران فوکویاما در اتاق فکر نظام سلطه بود، این استراتژیست ژاپنی الاصل طی یادداشتی در روزنامه وال استریت ژورنال به تاریخ 27 ژوئیه 2009 با نسخهای تجویز شده، نهادهای نظام جمهوری اسلامی که ارکان قوام دهنده به این نظام هستند را آماج حملات خود قرار داد.