پایگاه مرکز اسناد انقلاب اسلامی با اشاره به نقش منافقین در فتنه ۸۸ نوشت: سازمان منافقین نیز فعال شد و دست به توطئه زد. بنابر شواهد موجود سرکرده سازمان منافقین به ردههای مختلف تشکیلات دستور به آشوب کشاندن خیابانهای تهران را صادر کرد. نیروهای سازمان چند ماه قبل از برگزاری دهمین دوره انتخابات ریاستجمهوری، با هدف ایجاد درگیری و خونریزی در تهران و سایر نقاط کشور آموزشهای گستردهای را در کمپ اشرف دیده بودند.