شش دفتر انجمن اسلامی دانشجویان عضو دفتر تحکیم وحدت طی نامهای از عملکرد اعضای شورای اسلامی شدن دانشگاهها در عمل به وظایف محوله به این شورا انتقاد کردند.
آییننامه انضباطی دانشجویان چند سالی است که در دستور کار بازنگری شورای اسلامی شدن دانشگاهها قرار گرفته است که رفتار حرفهای دانشجویان در محیط دانشگاه را اصلاح میکند.
به پیشنهاد دبیر شورای عالی انقلاب فرهنگی، وزیر علوم، تحقیقات و فناوری با اکثریت آرای اعضای این شورا به عنوان ریاست شورای اسلامی شدن دانشگاهها و مراکز آموزشی انتخاب شد.