وزارت علوم در پاسخ به شبهات مطرح شده و مطالب منتشره در ارتباط با عدم تایید بعضی رشته محلهای دانشگاه آزاد که طی آن ادعاهایی درباره عدم رعایت قانون، اعمال سلیقه و عدم کار کارشناسی به وزارت علوم نسبت داده شده بود اطلاعیهای صادر کرد و کمیته سه نفره مصوب مجلس را فاقد وجاهت قانونی دانست.
سازمان اسلامی دانشجویان ایران در واکنش به برخوردهای سیاسی با دانشگاه آزاد با انتشار بیانیهای اعلام کرد: وزارت علوم با حذف غیرقانونی ۲۸۰۰ رشته محل دانشگاه آزاد، آتش نفاق را در دل فضای علمی کشور راه انداخته است.
دبیر کمیسیون آموزش و تحقیقات مجلس در واکنش به اطلاعیه وزارت علوم مبنی بر وجاهت نداشتن کمیته سه نفره مصوب سال ۶۷ مجلس در خصوص کدرشته های دانشگاه آزاد گفت: چرا در سال های گذشته وزارت علوم یادش نبود این رشته محل ها را حذف کند؟
مسئول بسیج دانشجویی دانشگاه آزاد گنبد در پی اقدام عجیب و سیاسی وزارت علوم در حذف ۲۸۰۰ رشته تحصیلی در دانشگاه آزاد که در زمان مدیریت جدید این دانشگاه رخ داد، گفت: به مسئولان وزارت علوم پیشنهاد میشود که به جای صدور بیانیههای مغرضانه و هدر دادن وقت خود، به فکر بهبود بخشیدن سطح علمی دانشگاهها باشند.
عضو کمیسیون آموزش و تحقیقات مجلس در مورد حذف ۲۸۰۰ رشته محل در دانشگاه آزاد گفت: از نظر ما بیانیه و دستورالعملی که وزارت علوم داده است، خلاف قانون است و ما با آنها برخورد قانونی خواهیم کرد.
تشکل اسلامی سیاسی اساتید واحد قائمشهر در بیانیهای در خصوص رفع مشکل دانشگاه آزاد اعلام کرد: انتظار داريم هرچه زودتر موانع ايجاد شده در جذب دانشجو در دانشگاه آزاد مرتفع شود تا نه تنها كاركنان دانشگاه آزاد( شامل استادان، كارمندان و كارگران) و خانوادههاى آنها، بلكه دانشجويان و دانش آموختگان دانشگاه آزاد نیز از نگرانى خارج شوند.