آیتالله خامنهای نیز با توجه به نقش برجستهای که در اداره و پیشبرد اهداف انقلاب داشتند، در همان ایام مورد سوء قصد منافقین قرار گرفتند.
اقدامات مسلحانه منافقین از ۳۰ خرداد ۱۳۶۰ شروع شده بود و در آن مقطع زمانی خطر ترور توسط عناصر کوردل منافق، اکثر مسئولان و مقامات نظام را تهدید میکرد؛ سهشنبه دوم تیرماه ۱۳۶۰ آیتالله خامنهای در مراسم بزرگداشت شهید چمران در مدرسهی عالی شهید مطهری سخرانی کردند؛ این مراسم در امنیت کامل برگزار شد، اما در پایان مراسم وقتی خیل عظیم جمعیت گرداگرد ایشان حلقه زده بودند، یک فرد که احتمال داده میشد از عناصر منافق باشد سعی میکند خود را نزدیک کند که ناتوان میماند و تنها با تیغ موکت بری یکی از محافظان را مجروح میکند.
خطبههای روشنگرانه آیتالله خامنهای در ۵ تیر ۱۳۶۰
