جد بزرگوار امام موسی صدر، سید صدرالدین فرزند سید صالح شرفالدین موسوی عاملی است که در سال ۱۱۹۳ هجری در قریه «قشیب» از توابع جبل عامل لبنان متولد شد و به جهت ظلم و ستم فراوان سرداران عثمانی نسبت به علمای شیعه به سرزمین عراق هجرت و به حوزه علمیه نجف رفت و در اثر تلاش و کوشش طولی نکشید که در زمره علما و مجتهدان عالی مقام زمان خویش قرار گرفت.
وی بادختر مجتهد بزرگ و مرجع عالی قدر مرحوم شیخ جعفر کاشف الغطا ازدواج و پس از چندی به ایران هجرت کرد و در شهر اصفهان که در آن زمان دارالعلم و محل رجال دین و اهل فضل بود اقامت گزید و در این شهر سالها مرجع طراز اول تدریس، قضا و فتوا بود و تعدادی از مشاهیر علما مانند شیخ مرتضی انصاری، میرزا هاشم چهارسوقی و برادرش صاحب الروضات و سید محمد شفیع صاحب الروضه البهیه از محضر او استفاده علمی بردند..
پدر امام موسی صدر، سید صدرالدین صدر، جانشین شیخ عبدالکریم حائری مؤسس حوزه علمیه قم و از مراجع بزرگ زمان خود بود و مادرش صفیه طباطبایی قمی فرزند حاج آقا سید حسین طباطبایی قمی و خواهر سید حسن طباطبایی قمی بود.