از معضلات باشگاه استقلال که هیئت مدیره این مجموعه نتوانست آن را برطرف کند بسته بودن پنجره نقل و انتقالاتی است.
از موارد مطرح شده در اظهارات اخیر مدیر مستعفی باشگاه استقلال (مجتبی فریدونی) موضوعات مالی و اداری در چارت مدیریتی این مجموعه بود.
از اوایل فصل بیست و پنجم لیگ برتر با مطرح شدن موضوع شکایت «منتظر محمد» بازیکن عراقی سابق استقلال این موضوع که پنجره نقل و انتقالاتی آبیهای تهرانی بسته میشود مطرح بود اما هیئت مدیره هیچ اقدامی برای پرداخت و یا جلب رضایت منتظر محمد به آن شکل که باید و شاید انجام نداد.
