وی در میدان مبارزه علیه رژیم شاهنشاهی نیز، همیشه از پیشگامان بود و سابقه مبارزات وی به پیش از ۱۵ خرداد ۱۳۴۲ برمیگردد. این مبارزات طی سالهای ۴۲-۴۱ در پرتو خروش امام خمینی علیه شاه به اوج رسید و ایشان نیز به عنوان یک شاگرد عاشق امام با فداکاری و سختکوشی به مبارزه پرداخت تا اینکه که در سال ۱۳۴۵ به دنبال کشف تشکیلات مبارزاتی گروهی از علما و روحانیون، از جمله حضرت آیتالله خامنهای و هاشمی رفسنجانی، شهید قدوسی نیز دستگیر و به زندان قزل قلعه انتقال یافت.
شهید قدوسی برای احیای فرهنگ ارزشمند اسلامی اهمیت ویژهای قائل بود و به همین جهت اهم فعالیت خود را صرف پایهریزی یک سیستم آموزشی نو و پر ثمر کرد و به موازات فعالیت سیاسی، با همکاری شهید بهشتی اقدام به تأسیس مدرسه حقانی (منتظریه) و مکتب توحید کرد و با اعمال شیوهای نو و کارساز، این دو نهاد آموزشی را الگویی برای سایر مراکز آموزشی و فرهنگی قرار داد.