نماز میت بر پیکر امام راحل به امامت مرحوم آیتالله گلپایگانی اقامه شد و مردم فاصله ۲۰ کیلومتری مراسم تشییع تا بهشت زهرا (س) را پیمودند و پیکر امام و پیشوای خود را به خاک سپردند.
به گزارش خبرنگار مهر، پس از رحلت امام خمینی (ره) پیکر ایشان ۱۵ خرداد سال ۱۳۶۸ به مصلی تهران منتقل شد تا قلوب داغدیدهای که از سراسر کشور برای وداع با امام خود به تهران آمده بودند، بتوانند با رهبر فقید انقلاب اسلامی وداع کنند. پیکر امام خمینی (ره) زمانی که در مصلی تهران قرار گرفت نماز میت به امامت مرحوم آیتالله گلپایگانی اقامه شد و مردم فاصله ۲۰ کیلومتری مراسم تشییع تا بهشت زهرا (س) را پیمودند و پیکر امام و پیشوای خود را به خاک سپردند.
پس از مراجعت امامخمینی به ایران،آیت الله گلپایگانی پیام تبریک داد و به هنگام ورود امامخمینی به قم تا ورودی شهر به استقبال ایشان رفت و امام اولین بازدید خود را از خانه او شروع کرد.
آیت الله گلپایگانی همواره درصدد تقویت نهضت و تأیید مواضع امامخمینی فعالیت میکرد و در کنار آن در مسئله ولایت فقیه و اختیارات حکومت اسلامی نظرات متفاوت خود را داشت و در مواقعی تذکرات خود را برای امام مینوشت او بر پیکر امامخمینی در مصلای تهران نماز اقامه کرد.آیت الله گلپایگانی در سال ۱۳۷۲ درگذشت و در حرم حضرت معصومه(س) به خاک سپرده شد.