گرالت در جریان تعقیب اعضای این گروه راهی پایتخت تمریا، شهر ویزیما، میشود و در نهایت حقیقتی غیرمنتظره را کشف میکند؛ رهبر سالاماندرا، ژاک دو آلدرسبرگ، همان پسربچهای به نام آلوین است که گرالت در طول ماجرا از او محافظت کرده بود و بر اثر سفر در زمان به آینده رسیده است. گرالت پس از شکست دادن ژاک، در پایان بازی با یک ویچر مرموز روبهرو میشود که قصد ترور شاه فولتست را دارد.
از سوی دیگر، گرالت که در پایان بازی دوم حافظهی خود را بهطور کامل بازیافته، به دنبال یافتن ینفر میگردد. پس از دیدار دوباره، هر دو به دستور امپراتور نیلفگارد احضار میشوند. امهیر مأموریتی سرنوشتساز را به آنها واگذار میکند: پیدا کردن سیری و محافظت از او، پیش از آنکه شکار وحشی به او برسد.
در ادامهی جستوجو، Geralt به دنبال جادوگری میرود که پیشتر با Ciri در ارتباط بوده است، اما به جای او با Keira Metz روبهرو میشود. Keira او را به آزمایشگاه مخفی یک جادوگر باستانی هدایت میکند و در آنجا سرنخهای تازهای دربارهی Ciri به دست میآید. تحقیقات Geralt در نهایت او را به Crones of Crookback Bog، سه جادوگر مرموز باتلاق، میرساند. برای رسیدن به آنها، Geralt باید دربارهی سرنوشت روحی زندانی در دل یک درخت تصمیم بگیرد؛ او میتواند این روح را نابود یا آزاد کند و این انتخاب پیامدهای مهمی برای ادامهی داستان خواهد داشت.
در ادامه، Geralt با Dijkstra ملاقات میکند، اما این دیدار با حملهی افراد ناشناس همراه میشود. پس از دفع مهاجمان، Dijkstra در ازای کمک برای یافتن گنج گمشدهاش، حاضر میشود در پیدا کردن Dandelion به Geralt کمک کند. تحقیقات نشان میدهد که گنج به دست Caleb Menge، فرمانده Witch Hunters، افتاده و Dandelion نیز در اختیار نیروهای او قرار دارد. Geralt با کمک Triss Merigold به مقر Witch Hunters نفوذ میکند و در نهایت موفق میشود Dandelion را نجات دهد.
در ادامه، Ermion اطلاعات تازهای در اختیار آنها قرار میدهد و از وقوع حادثهای مرتبط با Wild Hunt در جزیرهی Hindarsfjall خبر میدهد. Geralt و Yennefer راهی این جزیره میشوند و با تحقیق از ساکنان محلی، به سرنخهایی دربارهی Ciri دست پیدا میکنند. آنها متوجه میشوند که مردی جوان به نام Skjall آخرین کسی بوده که با Ciri ارتباط داشته است.
پس از پایان مراسم، Uma به شکل واقعی خود بازمیگردد و هویتش آشکار میشود. او در حقیقت Avallac’h، یکی از الفهای Aen Elle و جادوگری دانشمند است که پیش از این با Ciri همکاری داشته است. Avallac’h به Geralt توضیح میدهد که Ciri برای فرار از Wild Hunt، در مکانی مخفی به نام Isle of Mists پناه گرفته است.
دیدار دوبارهی Geralt و Ciri یکی از احساسیترین و بهیادماندنیترین لحظات The Witcher 3: Wild Hunt است. این صحنه، پایان سالها جدایی، جستوجو و امید را به تصویر میکشد و نقطهی عطفی در ادامهی داستان بازی به شمار میآید.
در جریان این نبرد، Vesemir برای نجات Ciri با Eredin روبهرو میشود، اما در نهایت جان خود را از دست میدهد. مرگ Vesemir، که سالها نقش استاد و پدری دلسوز را برای Geralt و دیگر ویچرها ایفا کرده بود، یکی از تلخترین لحظات داستان را رقم میزند و ضربهای سنگین به Geralt و Ciri وارد میکند.
در نهایت، Geralt در نبردی تنبهتن موفق میشود Eredin، پادشاه Wild Hunt، را شکست داده و به حکومت او پایان دهد. با این حال، خطر اصلی هنوز از بین نرفته است. White Frost همچنان جهان را تهدید میکند و تنها Ciri میتواند با ورود به درگاهی جادویی، این فاجعه را متوقف کند.
در کنار سرنوشت Ciri، انتخابهای عاطفی Geralt نیز پایان شخصی او را تعیین میکنند. او میتواند رابطهی عاشقانهی خود را با Yennefer یا Triss Merigold ادامه دهد، یا هیچکدام را انتخاب نکند و زندگی خود را بهعنوان یک Witcher تنها ادامه دهد.
پایانهای مختلف بازی نیز نشان میدهند که این دنیا نه کاملاً سیاه است و نه کاملاً سفید. سرنوشت شخصیتها به انتخابهای بازیکن گره خورده و هر تصمیم میتواند مسیر داستان را به شکلی متفاوت رقم بزند. همین ویژگی، ارزش تکرار بازی را به شکل قابل توجهی افزایش میدهد و باعث میشود هر بار تجربهای تازه پیش روی بازیکن قرار گیرد.