روحانی پس از بازنگری قانون ‏اساسی جمهوری اسلامی ایران و تشکیل نهاد شورایعالی امنیت ملی سمت نمایندگی مقام معظم رهبری در این شورا را بر عهده گرفت و 13 سال نیز به عنوان مشاور امنیت ملی رؤسای جمهور سابق انجام وظیفه کرده است.