آقا سید مجتبی، قبل از انقلاب، ازدواج کرد و با آغاز مبارزات مردم علیه شاه، کم کم زندگیاش رنگ و بوی سیاسی گرفت تا اینکه انقلاب به پیروزی رسید. در زمان ورود حضرت امام جزو نخستین افراد حلقه محافظان حضرت امام در کمیته استقبال قرار میگیرد؛ وی بعد از پیروزی انقلاب، جزو یکی از مؤسسین کمیته انقلاب اسلامی منطقه ۹ بود.
او از سوی حجتالاسلام خلخالی مأمور به شناسایی و دستگیری ضد انقلاب شد و با آغاز غائله ضد انقلاب در غرب کشور، به پاوه رفت و اینجا بود که پایش به جنگ باز شد و با آغاز رسمی جنگ، جزو نخستین افرادی بود که خود را به جبهههای جنوب رساند. اما در این مسیر حدود ۸۰ نفر از بچههای انقلابی را که از اعضای بیرون زده از ارتش پیش از انقلاب، اعضای ستاد مبارزه با مواد مخدر و کمیته انقلاب اسلامی سابق بودهاند را نیز با خود همراه کرد.
یک بار خواست با نیروهایش به جبهه برود که اتوبوس پیدا نمیکند. موضوع را به حجتالاسلام خلخالی اطلاع دادند، وی میگوید خود را با دو اتوبوسی که با آنها مواد مخدر حمل میشده و الان توقیف است، به جبهه برسانید و بعد که به مقصد رسیدید، راننده را آزاد کنید. سید مجتبی هاشمی در سال ۵۹ گروه فداییان اسلام را تشکیل داد و تا سال ۶۱ و شکست حصر آبادان، بیش از ۱۰ هزار نفر نیروی مردمی از سراسر کشور در قالب فداییان اسلام به فرماندهی او وارد جنگ شدند.
سید مجتبی، در این مدت در دو محور عملیاتی، زیر پل خرمشهر و جبهه ذوالفقاریه آبادان با تشکیل دو خاکریز به عنوان خط اول (الله) و خط دوم (علی) نیروها را سازماندهی کرد و به مدت یک سال در سرما و گرمای بالای ۵۰ درجه با کمترین امکانات و تحمل رنج و مشقت زیاد، توانست سدی مقابل ماشین مجهز جنگی ارتش عراق ایجاد کند و با همرزمانش ۳۰۰ شهید و ۴۰۰ جانباز تقدیم اسلام کرد. بعد از شکست حصرآبادان، حضرت امام خمینی (ره) طی پیامی تشکرآمیز از زحمات رزمندگان فداییان اسلام تقدیر و تشکر کرده و گروه فداییان اسلام رسماً به کار خود در جبههها پایان داد.