نمایندگان مجلس شورای اسلامی در جریان رسیدگی به فصل ۲۳ لایحه برنامه هفتم توسعه کشور با عنوان اصلاح نظام اداری، با انتقال دبیرخانه شورای عالی مناطق آزاد تجاری، صنعتی و ویژه اقتصادی از وزارت امور اقتصادی و دارایی منتزع و به نهاد ریاست جمهوری مخالفت کردند.
«پ- دبیرخانه شورای عالی مناطق آزاد تجاری، صنعتی و ویژه اقتصادی با حفظ شخصیت حقوقی مستقل و با رعایت ضوابط و مقررات مربوطه از وزارت امور اقتصادی و دارایی منتزع و به نهاد ریاست جمهوری منتقل میشود.»